Par Marie Moucarry
Deux équipes de recherche du Centre de recherche sur le cancer Goodman (CRCG) de l’Université McGill ont été sélectionnées aujourd’hui comme lauréates du tout nouveau concours « Omics Data Against Cancer » (ODAC) organisé conjointement par Génome Québec, l’Oncopole et IVADO. Les deux équipes, dont l’une est dirigée par le Pr Amin Emad et la Pre Morag Park, et l’autre par le Pr Ian Watson, le Pr Hamed Najafabadi et le Pr John Stagg, figurent parmi quatre équipes lauréates de l’Université McGill. Un financement total de 1,5 million de dollars sera décerné à tous les récipiendaires.
Ce financement permettra d’explorer et d’extraire des informations à partir de grands ensembles de données de recherche au moyen d’outils d’intelligence numérique. La génomique et l’étude du cancer sont deux domaines de recherche en sciences de la vie particulièrement complexes où d’énormes quantités de données sont générées, mais s’avèrent souvent difficiles à interpréter. Ce concours vise donc précisément à promouvoir la recherche multidisciplinaire reliant l’intelligence artificielle (IA), les approches “omiques” et l’oncologie, tout en soutenant le développement d’applications et de méthodologies d’IA pour mieux exploiter les ensembles de données de recherche sur le cancer.
La première équipe lauréate du concours, dirigée par la Pre Morag Park (CRCG) et le Pr Amin Emad (Mila, Université McGill), développera des modèles d’intelligence artificielle pour prédire la réponse aux combinaisons de médicaments chez les patients atteints d’un cancer ayant un mauvais pronostic. Les modèles de calcul proposés seront rendus accessibles à la communauté et aboutiront à un cadre polyvalent “d’essai clinique in silico” qui sera testé expérimentalement.
La deuxième équipe, pilotée par le Pr Ian Watson (CRCG), le Pr Hamed S. Najafabadi (Département de génétique humaine, Centre de génomique de McGill et CRCG) et le Pr John Stagg (Université de Montréal, Centre de recherche CHUM, Institut du cancer de Montréal), développera “MELANO-PREDICT”, un algorithme cliniquement applicable pour prédire la réponse à l’immunothérapie chez les patients atteints de mélanome. En utilisant des techniques de recherche en IA, l’équipe pourra trouver des signatures dans le séquençage de l’ADN et les données d’activité des gènes qui prédiront la réponse à ces thérapies puissantes, qui opposent au cancer le propre système immunitaire du patient.
“C’est un honneur pour le Centre de recherche sur le cancer Goodman d’avoir été choisi, ce prix témoigne de l’innovation qui s’accomplit ici. Ce financement en IA nous permettra de mener des recherches de pointe comme seules les technologies puissantes permettent de le faire, en obtenant le maximum d’informations et en tirant les conclusions les plus précises de nos grands ensembles de données. Nous pourrons ainsi collaborer à une approche multidisciplinaire qui poussera plus loin nos travaux sur le cancer et, au fil des années, aura un impact sur la vie de millions de personnes atteintes du cancer”, déclare la Pre Morag Park, directrice du CRCG et de la première équipe lauréate du concours.
Les autres équipes lauréates du concours ont aussi été annoncées :
- Jacques Drouin (Université de Montréal, Institut de recherches cliniques de Montréal) et Marc G. Bellemare (Université McGill, Mila) collaborent dans le cadre l’interprétation de l’épigénome du cancer par des outils novateurs d’intelligence artificielle.
- Mathieu Blanchette (Université McGill, École d’informatique) et son équipe travaillent sur des approches en apprentissage profond pour comprendre les mécanismes d’altération épigénétique dans le cancer sur la base de la génomique tri-dimensionnelle.
- Sébastien Lemieux (Université de Montréal, IRIC) et son équipe visent le développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l’utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë.
“Les résultats du concours annoncés aujourd’hui sont un puissant indicateur de la compétitivité du Québec dans le secteur de la génomique et de l’intelligence artificielle, deux pôles à la fine pointe de la technologie. La recherche en ‘omiques’ contre le cancer, qui génère un ensemble de données volumineux et complexe, ne peut être exploitée à sa pleine capacité qu’en s’alliant à l’intelligence artificielle. Le croisement de ces deux grandes filières d’excellence permettra au Québec d’acquérir un positionnement unique à l’échelle internationale et surtout, contribuera à accélérer les avancées de la recherche sur le cancer”, a indiqué Daniel Coderre, président-directeur général de Génome Québec.
“Le programme DOCC représente une occasion exceptionnelle de réunir des expertises multidisciplinaires en intelligence artificielle, en sciences omiques et en cancérologie pour faire avancer la recherche contre le cancer. Je souhaite ainsi souligner l’excellente collaboration entre l’Oncopole, IVADO et Génome Québec à l’origine de cette initiative”, souligne Renaldo Battista, directeur général de l’Oncopole.
“Les outils d’intelligence numérique et les méthodes d’exploitation des données qui en découlent constituent une formidable opportunité d’accélérer la recherche et particulièrement en santé. Nous sommes convaincu.e.s qu’une meilleure compréhension des pathologies cancéreuses peut émerger de ces collaborations et avec elle, des solutions novatrices pour mieux y faire face,” ajoute Gilles Savard, directeur général d’IVADO.
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Contact médias :
Marie Moucarry, conseillère en communications, Centre de recherche sur le cancer Goodman, l’Université McGill, marie.moucarry2@mcgill.ca
Jason Clement, responsable des communications, Faculté de médecine et des sciences de la santé, jason.clement@mcgill.ca